Nevşehir Hacı Bektaş Veli Üniversitesi Bilgi Paketi
|
|||||
| Sınıf/Yarıyıl | 1 / Güz | ||||
| Ders Düzeyi | Yükseklisans | ||||
| Ders Türü | Seçmeli | ||||
| Bölümü | BİYOLOJİ(DOKTORA) | ||||
| Ön Koşul Dersleri | Yok | ||||
| Öğretim Sistemi | Örgün | ||||
| Ders Süresi | 14 Hafta | ||||
| Öğretim Elemanı | NAŞİT İĞCİ (nasitigci@nevsehir.edu.tr) | ||||
| Diğer Öğretim Elemanı/Elemanları |
|||||
| Öğretim Dili | Türkçe | ||||
| Sınıf Dışı Uygulama/Staj | Yok | ||||
| Dersin Amacı | |||||
| Proteomiks alanında yapılan çalışmalarda biyoinformatik yaklaşımların hangi amaçlarla kullanıldığı hakkında uygulamalı bir şekilde bilgi vermek. | |||||
| Ders Öğrenme Çıktıları (DÖÇ) | PÇ | ODY | |
| Bu dersi başarı ile tamamlayan öğrenciler: | |||
| DÖÇ-1 | Proteomikste kullanılan güncel biyoinformatik stratajileri açıklayabilir. |
PÇ-1 Biyoloji alanındaki güncel ve en iyi uygulamaları da içeren ileri bilgiye sahiptir, bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar PÇ-2 Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanarak, kontrollü deneyler planlar ve ilgili alanda orijinal araştırmalar gerçekleştirir PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür PÇ-4 Alanında edindiği bilgilerle doktora programına, AR-GE birimlerine veya mesleki alandaki işlere girebilme yetenek ve özelliklerine sahiptir PÇ-7 Biyoloji alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır |
Yazılı Sınav Performans Ödevi |
| DÖÇ-2 | Proteomikste kullanılan bazı biyoinformatik analizleri yapabilir. |
PÇ-1 Biyoloji alanındaki güncel ve en iyi uygulamaları da içeren ileri bilgiye sahiptir, bilgilerini uzmanlık düzeyinde geliştirir, derinleştirir ve istatistik metotları kullanarak analiz eder ve yorumlar PÇ-2 Alanında edindiği uzmanlık düzeyindeki kuramsal ve uygulamalı bilgileri kullanarak, kontrollü deneyler planlar ve ilgili alanda orijinal araştırmalar gerçekleştirir PÇ-3 Sahip olduğu bilgiyi analiz ederek, karşılaştırarak ve sorgulayarak problemlerin çözümünde kullanır ve ilgili alanda orijinal bir araştırmayı bağımsız olarak yürütür PÇ-4 Alanında edindiği bilgilerle doktora programına, AR-GE birimlerine veya mesleki alandaki işlere girebilme yetenek ve özelliklerine sahiptir PÇ-7 Biyoloji alanının gerektirdiği düzeyde bilgisayar yazılımı ile birlikte bilişim ve iletişim teknolojilerini ileri düzeyde kullanır |
Yazılı Sınav Performans Ödevi |
| PÇ: Bölüm program çıktıları ÖDY: Ölçme ve değerlendirme yöntemi |
|||
| Dersin İçeriği | ||
| Güncel proteomik stratejiler, proteomikste biyoinformatiğin kullanımı, jel tabanlı ifade çalışmalarında analiz, protein veri tabanlarının kullanımı, kütle spektrometresi tabanlı proteomikste deneysel yaklaşımlar ve biyoinformatik araçlarla protein tanımlama, protein 3 boyutlu yapı modellemesinde biyoinformatik yaklaşımlar | ||
| Haftalık Detaylı Ders İçeriği | ||
| Hafta | Detaylı İçerik | Öğretim Yöntem ve Teknikleri |
| 1 | Proteomikste güncel stratejiler ve veri kaynakları. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 2 | Proteomik yöntemlerde biyoinformatiğin yeri ve uygulama amaçları. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 3 | Jel tabanlı yöntemlerle ifade analizi ve sonuçların yazılımlar ile değerlendirilmesi ve sunumu. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 4 | Protein veri tabanlarının tanıtılması ve veri tabanlarında yer alan amino asit dizilerinin elde edilme yöntemleri. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 5 | Protein veri tabanlarında istenilen bilgiye ulaşma ve amaca yönelik kullanımları. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 6 | Kütle spektrometreleri ve proteomikste kullanımı. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 7 | Kütle spektrometresi ile elde edilen spektrumun yapısı ve verdiği bilgi. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 8 | Ara Sınav | |
| 9 | Kütle spektrometresi ile protein tanımlama I: Peptit Kütle Parmak İzi Analizi (Uygulamalı). | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 10 | Kütle spektrometresi ile protein tanımlama II: Peptit Fragment Parmak İzi Analizi (Uygulamalı). | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 11 | Kütle spektrometresi tabanlı de novo aminoasit dizilemesi ve bu amaç için kullanılabilecek yazılımlar (Uygulamalı). | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 12 | Protein BLAST’ın kullanım amaçları ve uygulamaları. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 13 | Kantitatif proteomikste kullanılan yöntemler. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 14 | Kantitatif proteomikste biyoinformatik analizlerin kullanımı. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 15 | Protein 3 boyutlu yapılarının aydınlatılması, modellemede kullanılan yazılımlar ve homoloji tabanlı yapı modelleme. | Anlatma, Tartışma, Soru Cevap, Kaynak Tarama |
| 16 | Final Sınavı | |
| Ders Kitabı / Yardımcı Kitap | ||
| 1 | Özel Demiralp F, İğci N, Peker S, Ayhan B. 2014. Temel Proteomik Stratejiler. Ankara Üniversitesi Yayınevi, Ankara. | |
| 2 | Hamdan M, Righetti PG. 2005. Proteomics Today. John Wiley & Sons, New Jersey. | |
| 3 | Hubbard SJ, Jones AR. 2010. Proteome Bioinformatics. Springer. | |
| 4 | Campbell AM, Heyer LJ. 2006. Discovering Genomics, Proteomics and Bioinformatics. Benjamin Cummings. | |
| 5 | Eidhammer I, Flikka K, Martens L, Mikalsen S-O. 2007. Computational Methods for Mass Spectrometry Proteomics. Wiley. | |
| 6 | Eyers CE, Gaskell S (Eds). 2014. Quantitative Proteomics. RSC Publishing. | |
| Ders Araç - Gereç ve Malzemeleri | ||
| Ders notları, kitaplar, ilgili makaleler, bilgisayar | ||
| Ölçme Yöntemi | |||
| Yöntem | Hafta | Süre (Saat) | Katkı(%) |
| Ara Sınav | 8 | 2 | 20 |
| Diğer Ölçme Yöntemleri | |||
| 1.Sözlü Sınav | |||
| 2.Kısa Sınav (Quiz) | |||
| 3.Laboratuvar Sınavı | |||
| 4.Sunum | |||
| 5.Rapor | |||
| 6.Seminer | |||
| 7.Performans Ödevi | 15 | 2 | 40 |
| 8.Dönem Ödevi | |||
| 9.Proje | |||
| Final Sınavı | 16 | 3 | 40 |
| Öğrenci İş Yükü | |||
| İşlem Adı | Haftalık Saat | Sayı | İş Yükü |
| Haftalık Ders Saati (Teorik+Uygulama) | 3 | 14 | 42 |
| Sınıf Dışı Çalışma | |||
| a) Okuma | 3 | 14 | 42 |
| b) İnternette/Kütüphanede Tarama | 3 | 14 | 42 |
| c) Performans Ödevi | 2 | 14 | 28 |
| d) Seminer/Sunum/Rapor Hazırlama | 0 | ||
| e) Dönem Ödevi/Proje Hazırlama | 0 | ||
| Sözlü Sınav | 0 | ||
| Kısa Sınav (Quiz) | 0 | ||
| Laboratuvar Sınavı | 0 | ||
| Ara Sınav İçin Hazırlık | 1 | 7 | 7 |
| Ara Sınav | 2 | 1 | 2 |
| Final Sınavı İçin Hazırlık | 2 | 7 | 14 |
| Final Sınavı | 3 | 1 | 3 |
| 0 | |||
| 0 | |||
| Toplam İş Yükü | 180 | ||